懷疑或已確診患有阻塞性睡眠窒息症的患者，都有需要接受內窺鏡檢查，因為這檢查可以讓醫生在內窺鏡的協助下，全面探視整個呼吸道的狀況，由鼻腔、顎咽以至下咽無一遺漏，從而判斷是哪一部份的呼吸道有阻塞而引發睡眠窒息症。醫生掌握這些資料後，便可為每名病人度身訂造一個合適的治療方案。

這種檢查是最常用的阻塞性睡眠窒息症檢查，一般可於耳鼻喉科診所進行，病人毋須入院，亦不會帶來嚴重及持久的不適。

醫生會先在病人的鼻腔及喉嚨，噴上少量用作局部麻醉的藥物，然後把一條有彈性的咽喉攝影鏡，從鼻孔伸入鼻腔，以觀察整個鼻腔的結構，再推落至顎咽及下咽的位置，檢查相關組織的狀況。而整個過程及圖像都會儲存在病歷內，方便日後跟進。

倒氣測試（Muller maneuver）需要特別的技巧，在上呼吸道製造一個負氣壓的狀態，從而診斷甚至找出狹窄的部位及情況。不過，這測試需要病人的配合下進行，故病人是在清醒狀態下做測試，而不是在睡眠期間進行，因此準確度約為80%至85%。

睡眠內窺鏡檢查是各類檢查中，最能夠確定及找出引致阻窒的病因和模式，準確性亦最高。這檢查一般在醫院環境下進行，病人入院後，醫生會以藥物令病人進入睡眠狀庇，然後從鼻孔放入內窺鏡，觀察整個呼吸道的狀況，不但可以找出阻塞的位置，更可以清楚知道阻塞的次數及時間，幫助醫生準確斷症。

由於這檢查是在醫院的手術室進行，因此需要較多的時間，而費用亦會較昂貴。